Princip dezinfekcije natrijum hipohlorita uglavnom uključuje tri aspekta:
Hipohlorna kiselina nastaje hidrolizom, a hipohlorna kiselina se dalje razgrađuje i formira novi ekološki kiseonik. Snažno oksidacijsko svojstvo novog ekološkog kisika denaturira tvari kao što su proteini na bakterijama i virusima, ubijajući tako patogene mikroorganizme.
Hipohlorna kiselina može prodrijeti u bakterije (viruse) i reagirati s organskim polimerima kao što su bakterijski (virusni) proteini, nukleinske kiseline i enzimi, ubijajući tako patogene mikroorganizme.
Ioni klorida proizvedeni hipoklornom kiselinom mogu značajno promijeniti osmotski tlak bakterija i virusa, uzrokujući da njihove stanice izgube aktivnost i umru.