Važno je da redovno čistite FilterBalls bazena kako biste spriječili njihovo začepljenje i neefikasnost. Ovisno o veličini vašeg bazena i količini koju koristi, možda ćete morati čistiti FilterBalls često jednom tjedno ili samo jednom mjesečno. Da biste očistili svoje FilterBalls, jednostavno ih uklonite iz filtera i isperite ih crijevom.
Možete ih i potopiti u kantu vode sa sapunom za temeljnije čišćenje. Obavezno potpuno isperite sapun prije nego što loptice vratite u filter.