Održavanje čistoće bazena ključno je za sprječavanje širenja bolesti, izbjegavanje nesreća i sprječavanje infekcija. Preporučljivo je izvršiti sveobuhvatno čišćenje bazena barem jednom sedmično, posebno u sezoni česte upotrebe. Redovno čišćenje uključuje ne samo pranje kuglica filtera već i provjeru kvaliteta vode, čišćenje zidova i poda bazena i druge opreme poput pumpi i sistema za filtriranje.