Osim štetnih materija, u kanalizaciji ima bezbroj bakterija i virusa. Stoga se dezinfekcija hlorom naširoko koristi za uništavanje bakterija i virusa u vodi tokom faze efluenta vode iz slavine i postrojenja za prečišćavanje otpadnih voda.
U tretmanu industrijske cirkulirajuće rashladne vode, hlor se također koristi za sterilizaciju i uklanjanje algi. U procesu cirkulacije rashladne vode, zbog isparavanja dijela vode, hranjive tvari u vodi se koncentrišu, a bakterije i drugi mikroorganizmi će se umnožavati u velikim količinama i lako formirati sluzavu prljavštinu. Previše prljavštine sluzi će dovesti do začepljenja cijevi i korozije.
Kloriranje obično uključuje ubrizgavanje hlora u vodu kako bi se ubile bakterije i drugi mikroorganizmi, obično u flaširanom kloru.
Da bi se održao baktericidni efekat, rezidualni klor uvijek treba držati na {{0}}.5 ~ 1mg/L u ispuštenoj vodi i na kraju vodovodne mreže na 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.